El actual edificio que alberga el Parador Nacional, junto con el Museo de León y una iglesia consagrada en el siglo dieciséis, fue conocido anteriormente como el Convento de San Marcos.
En el siglo doce, tras una donación de Sancha de Castilla, se construyó un primer templo-hospital, tipología habitual en aquel momento, ante los muchos peregrinos que pasaban por la ciudad y necesitaban algún lugar donde descansar y recibir cuidados.
Cuatro siglos después, y gracias a un nuevo regalo, en este caso de Fernando el Católico, se decidió construir un nuevo edificio, obra que se prolongó durante dos siglos.
Su aspecto actual se lo debemos a esta época, convirtiéndose en una de las obras más destacadas de todo el Renacimiento español.
Su fachada principal se compone de dos cuerpos. En el inferior, se abre la puerta de entrada bajo un arco de medio punto, y sobre éste, la representación de Santiago victorioso en recuerdo a la Batalla de Clavijo. Coronando la fachada, una peineta con el Escudo de armas reales y una estatua que representa a la Fama. En los zócalos de la parte inferior de la fachada se labraron medallones con personajes de la historia de España y otros personajes greco-latinos.
Flanqueando la fachada, a un lado se encuentra la torre palaciega del siglo dieciocho, en la que destaca una gran cruz de Santiago decorando esta robusta construcción.
Y al otro lado, la iglesia, rematada en mil quinientos cuarenta y uno, como queda reflejado en la hornacina abierta en una de las dos torres que flanquean  su acceso. Entre ellas, un pórtico cubierto por una bóveda de crucería por la que se accede al interior. De nave única y crucero con rejería que lo separa del resto de la iglesia. Una vez dentro, destaca el retablo mayor del siglo dieciocho, y dos relieves hechos por Juan de Juni representando el Descendimiento y el Calvario de la Cruz.
De este mismo autor son algunas de la decoraciones que tiene el hermoso claustro construido por Juan Badajoz el Mozo, comenzado en el siglo dieciséis y posteriormente finalizado en los dos siglos posteriores, que remata este magnífico conjunto de San Marcos.
Este edificio es testigo de la historia de León, ya que a lo largo del tiempo fue empleado con los más variados usos. Se le recuerda por ser la prisión donde estuvo Francisco de Quevedo, o por utilizarse como campo de concentración de prisioneros republicanos durante la Guerra Civil.