La interesante historia de la Colegiata atañe al origen mismo de Villafranca del Bierzo, ya que el lugar donde se erige no es otro que el del importantísimo monasterio de la Orden Francesa de Clunny, cuya edificación supuso el inicio de los asentamientos en la localidad a comienzos del siglo once.
El segundo Marqués de Villafranca, Pedro de Toledo, con ánimo de dar cuenta de su poderío y en vista del ruinoso estado del monasterio en el siglo dieciséis, ordena construir un magnífico edificio, el que hoy podemos visitar y el que, si nos fijamos, permanece inacabado. En efecto, se proyectaba una edificación más larga, que incluiría una puerta de acceso de mayor majestuosidad.
La iglesia, en la cual el gótico tardío se mezcla con elementos renacentistas, consta de tres naves, siendo las laterales más estrechas y dotadas de sendas capillas. En su interior destaca la variedad de las cubiertas desde la bóveda poligonal, con ramificaciones desde el altar mayor, hasta las bóvedas de crucería que cubren las capillas.
Si observamos en la nave central, veremos el coro barroco rococó de finales del dieciocho, y la silla abacial sobre la que destaca el escudo de armas de los marqueses.