La construcción del Monasterio de Samos se remonta al siglo seis, y se atribuye a San Martín Dumiense. Se tiene constancia de que, poco después de su construcción, fue ya renovado por San Fructuoso.

Una vez iniciada su actividad monástica, sufrió un período de abandono obligatorio. La invasión musulmana hizo que los monjes se retirasen a otros lugares, para mantenerse a salvo. Así, pasaron algunos años hasta que el monasterio fue reconquistado por el rey asturiano Fruela primero, en torno al año setecientos sesenta. Más tarde, Fruela sería asesinado, y su viuda y su hijo Alfonso segundo, fueron acogidos en él.

Este acontecimiento supuso un momento trascendental para la abadía de Samos. De este modo se ganó la protección real, que le otorgaba en propiedad, todo aquello que se encontrase en media milla a la redonda. Comienza así una creciente influencia por parte de los monjes y su entorno, aunque todavía le tocaría vivir algún episodio difícil antes de su total desarrollo. En el siglo diez, el obispo Don Ero expulsó a la comunidad benedictina para hacerse con el control del monasterio. Lo conseguiría por poco tiempo, ya que, después, el rey Ordoño segundo de León dio la orden de realojar a los monjes. Ahora si, se iniciaría una larga y fructífera etapa de estabilidad monacal.

A lo largo de la Edad Media disfrutará de gran relevancia, llegando a poseer unas doscientas villas y quinientos lugares, bajo su influencia. Eran tiempos de bonanza económica y de fe.

En el siglo quince una reforma de los Reyes Católicos, a la que se adhirió Samos, permitió que se produjese un nuevo impulso que se prolongaría durante los siglos diecisiete y dieciocho.

Sin embargo, en el siglo diecinueve, su horizonte se nubló de manera importante. La comunidad de monjes se redujo de forma drástica hasta quedar solamente tres. Como consecuencia, el monasterio sufrió un gran deterioro, ya que no se pudo hacer frente a su mantenimiento. Tras pasar por manos estatales y locales, la abadía resurgió con la llegada de un grupo de religiosos de la Orden de Valladolid. Fueron ellos quienes consiguieron reconstruirlo y reactivar su actividad, manteniéndola viva hasta nuestros días.