Fundada a comienzos del siglo doce, la privilegiada situación geográfica de Hondarribia la convirtió en una ciudad codiciada por los reinos que la rodeaban. A lo largo de la historia se la han disputado los reinos de Castilla, Navarra, Francia e incluso Inglaterra. Sobrevivió a siete asedios: en el siglo trece a manos de Fernando Tercero, rey de Francia. En el siglo quince, tropas francesas sitian la ciudad a petición de Alfonso Quinto de Portugal. Durante el siglo dieciséis, el rey de Navarra solicita ayuda a Francisco Primero, rey de Francia, para recuperar la villa, en ese momento en manos de Fernando el Católico, tomándola durante dos años.

A mediados del siglo diecisiete, durante la Guerra de los Treinta Años entre España y Francia, tropas francesas trataron de ocupar la ciudad, pero la población civil, levantada en armas, no se lo permitió. Durante el siglo dieciocho fue invadida en dos ocasiones por las tropas francesas, una en mil setecientos diecinueve, a cargo del duque de Berwick, y otra tras la Revolución Francesa, a manos del general Moncey.

Los dos últimos ataques a la ciudad tuvieron lugar en el siglo diecinueve, el primero durante el último año de la Guerra de Independencia, que terminó con el Casco Histórico en llamas, y el segundo, en mil ochocientos treinta y seis, cuando las compañías carlistas de la ciudad fueron atacadas por la Legión Auxiliar Inglesa, capitaneada por el general Lacy Evans. La heroicidad de la ciudad frente a estos ataques le ha valido los títulos de ‘muy noble, muy leal, muy valerosa y muy siempre fiel’.

El topónimo Hondarribia, gentilicio hondarribitarra, proviene del euskera y significa, literalmente, ‘el vado de arena’. La mención más antigua a la villa con este nombre, data del siglo doce. Hondarribia es además el nombre oficial y se utiliza como único topónimo desde mil novecientos ochenta y nueve.